2点間距離を各施設ごとの計測距離の一覧に合算して比較することは可能ですか？

２点間距離の追加はできますが、距離は各自による修正となります。
詳しくはWeb建設物価 産廃経済比較機能 ご利用ガイド（操作マニュアル） 4-1 走行ルート情報の確認 にて距離の修正を行ってください。